Cada vez que se le preguntaba a Juan Vicente Chiarino (dirigente de la Unión Cívica, participante de la negociación en el Club Naval y ministro de Defensa del primer gobierno de Julio María Sanguinetti, en 1985) si en las conversaciones con las Fuerzas Armadas se había acordado no juzgar a los militares y policías que habían violado derechos humanos durante la dictadura, el jerarca negaba que se hubiera asumido tal compromiso, aunque admitía que el tema “sobrevoló” en las conversaciones.
Desde los primeros meses de la restauración democrática, organizaciones sociales, familiares y personas que habían sufrido torturas, tenían muertos en su entorno cercano o desaparecidos por la acción represiva de la dictadura comenzaron a recorrer el camino de la justicia, para que esos hechos no quedaran impunes. La respuesta del gobierno de la época fue entorpecer esas gestiones. Una forma de frenar la demanda de justicia fue que, en caso de juzgar a los represores, la potestad correspondiera a la justicia militar. Sin embargo, frente a los recursos presentados por las víctimas o sus familiares, la Suprema Corte de Justicia falló, en noviembre de 1986, que los delitos cometidos por las fuerzas de seguridad debían ser juzgados en la órbita civil. La solución que encontraron Sanguinetti y los sectores más conservadores del espectro político, para impedir que ello ocurriera, consistió en enviar un proyecto de ley de urgente consideración por el cual caducaba la pretensión punitiva del Estado “respecto de los delitos cometidos hasta el 1 de marzo de 1985 por funcionarios militares y policiales (…) en ocasión del cumplimiento de sus funciones y en ocasión de acciones ordenadas por los mandos que actuaron durante el período de facto”. La ley fue aprobada en tiempo récord, en diciembre de 1986, por el Parlamento y contó con los votos colorados y blancos de Por la Patria y de los herreristas. El Movimiento Nacional de Rocha y los legisladores frenteamplistas se opusieron a dicha norma. También votó en contra el diputado colorado Víctor Vaillant.
De inmediato, se abrió una discusión entre los movimientos sociales, Madres y Familiares de Desaparecidos y las fuerzas políticas que demandaban justicia sobre cómo enfrentar una ley que consagraba la impunidad de los represores. Unos pensaban en interponer recursos de inconstitucionalidad, otros, procurar que la ley fuera derogada por otra; pero primó el criterio de convocar a la ciudadanía, para que ella se expresara al respecto. Así se conformó una Comisión Pro Referéndum, que, presidida por Elisa Dellepiane (viuda de Zelmar Michelini), Matilde Rodríguez Larreta (viuda de Héctor Gutiérrez Ruiz) y María Ester Gatti (abuela de Mariana Zaffaroni, por entonces una niña desaparecida), y un ejecutivo de 17 personas (entre ellas y como tesorero el actual presidente Tabaré Vázquez), comenzó la tarea de recoger las firmas del 25 por ciento de los uruguayos habilitados a votar. El 17 de diciembre de 1987, la comisión entregó 634.702 firmas, y se superó así el número necesario. Pero la Corte Electoral anuló 63.937 y dejó 36.834 en suspenso, poniendo en duda la veracidad de esas firmas a favor del referéndum. Entre otras personalidades que debieron ratificar su adhesión, se encontraba el entonces presidente del FA, general (r) Liber Seregni. Finalmente, las fuerzas a favor de la derogación de la ley logran ratificar las firmas cuestionadas y alcanzan el porcentaje requerido constitucionalmente. La consulta a la población se fijó para el 16 de abril de 1989. La corte decidió que la papeleta para anular la ley sería verde, y amarilla, para su permanencia. La campaña por el voto verde alcanzó niveles inéditos de movilización, tuvo en contra a los medios masivos de comunicación y la amenaza de que los militares no aceptarían así nomás una decisión en su contra. Los esfuerzos de la derecha para impedir lo que entendían como un “revisionismo” inadecuado del pacto que dio origen a la salida de 1984 llegaron al extremo anecdótico de que el propio Sanguinetti interviniera para impedir la emisión de un spot televisivo de Sara Méndez, en el que ella relataba el secuestro de su hijo Simón Riquelo. Finalmente, el día señalado votó el 80 por ciento de los habilitados. El voto verde alcanzó el 41,3 por ciento de los votantes, por lo cual la ley continúa vigente hasta nuestros días, a pesar de que en 2009 hubo otro intento de anularla.