Por mayoría, la Suprema Corte de Justicia decidió declarar inconstitucionales los artículos 2 y 3 de la ley 18.831, que restituyó la pretensión punitiva del Estado. Con esto, el máximo órgano del Poder Judicial sostuvo la postura de que los crímenes de la dictadura tienen fecha de prescripción. Sin embargo, las últimas sentencias muestran que la tesis de la imprescriptibilidad cobra fuerza entre los ministros de tribunales de apelaciones.
La imprescriptibilidad de estos crímenes es defendida por dos de los cinco ministros de la corte: Bernadette Minvielle y John Pérez Brignani, el último en ingresar a la corporación. En un fallo reciente, Pérez aseguró: «[Los derechos humanos representan] obligaciones inderogables y prevalecen sobre la reivindicación de la soberanía de los Estados. […] Son derechos cuya violación o limitación por parte del Estado constituye un ilícito de tipo fundamental». Según el ministro, en esta materia rige el principio propersona, por lo que la función protectora de los derechos humanos del derecho penal internacional «resulta especialmente clara en los crímenes de lesa humanidad». Además, sobre el Estado recae la obligación de garantizar la protección, la promoción y la efectivización de los derechos humanos. De ahí que en los casos de graves violaciones el Estado tiene el deber de impulsar una investigación efectiva para individualizar y sancionar a los responsables de estos crímenes, señaló.
En estos meses, la imprescriptibilidad también fue amparada por los ministros de tribunales de apelaciones María Verónica Scavone, Silvana Gianero y Eduardo Cavalli, quienes ejercen en juzgados laborales y de familia e intervinieron en estos procesos en lugar de la ministra Minvielle. «[En materia de derechos humanos,] el derecho aplicable no se limita al orden interno, sino que corresponde invocar el orden jurídico internacional, por lo que no resulta admisible que en el momento de juzgar crímenes que involucran al propio Estado se invoque la falta de ratificación de un tratado […]. La naturaleza de los delitos denunciados impone que el Estado uruguayo no pueda desconocer la aplicación de las normas internacionales vigentes al momento de ocurrencia de los hechos, porque son normas que conforman el denominado orden público internacional», dijo Scavone. Apuntó que el Estado tiene la obligación de proteger y garantizar el ejercicio y el goce de los derechos inherentes a la condición de ser humano, que son preexistentes a toda norma y estaban vigentes antes y durante la dictadura. Por este motivo, no puede invocarse el principio de irretroactividad de la ley penal, ya que la calificación de lesa humanidad «no crea un nuevo tipo penal», añadió. «[La imprescriptibilidad] forma parte del sistema de tutela de los derechos humanos reconocidos en el artículo 72 de la Constitución de la república, en tanto tiene como fundamento el respeto efectivo y eficaz de estos, mediante el establecimiento de un régimen que los asegure. Y dentro de ese aseguramiento se inscribe la imposibilidad de sustraerse al castigo de quienes perpetran delitos de lesa humanidad. […] Los graves hechos denunciados son delitos ahora y lo eran también en el momento de su comisión», afirmó.
Por su parte, el ministro Cavalli compartió la idea de que los derechos vulnerados no requieren el reconocimiento de ninguna norma, ya que son preexistentes al ordenamiento jurídico y tienen una raigambre constitucional. «Todos los derechos inherentes a la persona humana se imponen tanto al legislador como al constituyente por cuanto exceden la organización estatal, y universalmente se reconoce que se gozan por el solo hecho de ser persona, cualquiera sea su condición, género, edad, raza, religión o ideología. […] En materia de crímenes de lesa humanidad, no caben dudas [de] que se trata de proteger y garantizar un conjunto de derechos, deberes y garantías inherentes a la personalidad humana, que […] “lesionan el núcleo de la humanidad”. […] La imprescriptibilidad también forma parte del universo de normas del jus cogens y la ausencia de reglamentación no es óbice para su efectiva aplicación», argumentó Cavalli, para quien el Estado tiene el deber de sancionar esos crímenes, «cualquiera sea la fecha en que se hayan cometido».