Astori fue acercándose desde 1962 a las fuerzas de izquierda y en 1971 participó en la fundación del Frente Amplio. En paralelo, ingresó como docente a la Facultad de Ciencias Económicas en 1960 y, como titular del curso Estructura Económica Nacional desde 1966, resultó electo decano en 1972. Con 32 años, fue el decano más joven hasta ahora. En 1973 aconteció el golpe de Estado, al poco tiempo fue sumariado, destituido y el conjunto de la Universidad de la República (Udelar) fue intervenida. Fue detenido y apresado en la Cárcel Central bajo los cargos de «asociación subversiva», «encubrimiento» y «omisión». Allí nació un período en el que Astori tuvo su mayor productividad académica a la vez que destacó por su nivel de confrontación a la dictadura.
La intervención de la Udelar significó un duro revés para el desarrollo de las ciencias sociales en nuestro país. Los avances que hubo en la profesionalización de la investigación, en parte por el impulso dado por el Plan Maggiolo en la Udelar, así como también por experiencias como la Comisión de Inversiones y Desarrollo Económico (CIDE) para el caso de los economistas, se vieron parcialmente truncados con la dictadura. Quienes pudieron continuar desarrollándose en la actividad académica lo hicieron en el exilio o en el insilio, con la creación de centros privados de investigación. Para el caso de los economistas, hay tres centros clave: el Centro de Investigaciones Económicas (CINVE), el Centro Latinoamericano de Economía Humana (CLAEH) y el Centro Interdisciplinario de Estudios del Desarrollo del Uruguay (Ciedur).
Astori mantuvo durante todo el período algunos trabajos de consultoría para organismos internacionales –CEPAL (Comisión Económica para América Latina y el Caribe) y FAO (siglas en inglés para Organización de las Naciones Unidas para la Agricultura y la Alimentación)– y para una consultora privada llamada Uruplan. También tuvo un brevísimo pasaje por CINVE, pero su lugar principal de trabajo fue Ciedur. Fundado por César Aguiar, Rosario Aguirre y Horacio Martorelli, en 1977, Danilo fue invitado en junio de 1978 y un tiempo después fue designado como secretario ejecutivo. Este es el período de mayor producción académica de Astori, en el que pueden destacarse algunas publicaciones, como Evolución tecnológica de la ganadería uruguaya, 1930-1977, donde analiza el problema del estancamiento ganadero en Uruguay, cuestión que trabajó desde 1962 en la CIDE; Tendencias recientes de la economía uruguaya, donde estudia el problema del estancamiento productivo en la economía en su conjunto, al que llamó el «estancamiento generalizado», y los desequilibrios macroeconómicos de aquel entonces, y, por último, Enfoque crítico de los modelos de contabilidad social. Este último es probablemente el libro más conocido fuera de las fronteras nacionales y fue utilizado para la docencia en Economía en varios países de América Latina. Además, es el texto que mejor da cuenta de las preocupaciones metodológicas de Astori y el vínculo entre la descripción (economía descriptiva), la interpretación (economía política o ciencia económica) y lo propositivo (política económica).
También desde Ciedur, Astori fue partícipe de una institución académica que adoptó una actitud confrontativa con la dictadura dentro de los límites posibles. Además de mantener vivo parte del programa de investigación de las ciencias sociales previo al golpe de Estado, fue un centro de investigación que contribuyó fuertemente a la formación de los más jóvenes. En particular, un convenio con la Universidad de Lovaina, en Bélgica, contribuyó a que muchos jóvenes estudiantes de Economía, que en la dictadura habían visto empobrecida su formación, pudieran ir a hacer posgrados al exterior. Esto fue particularmente relevante para algunos casos, como el de Daniel Olesker, que tenía imposibilitada su calidad de estudiante en Uruguay. Asimismo, fue el centro de investigación que trabajó específicamente para la reincorporación de los ex presos políticos en la medida en que se iban liberando. Así, ingresaron economistas como Juan Manuel Rodríguez, o estudiantes avanzados como Olesker y Luis Stolovich. También se incorporaron así otros técnicos e investigadores como Ángel Rocha o el historiador autodidacta Yamandú González Sierra.
Este Astori investigador y constructor institucional desarrolló también en dictadura un particular esfuerzo por la divulgación del conocimiento económico, que se conjugó con una exposición política arriesgada. En una entrevista que le hice hace unos años, el economista Jorge Notaro, de la misma generación y también integrante de Ciedur, me decía que si bien ese centro tensó al límite las posibilidades de acción contra la dictadura, Astori mantuvo un «coraje cívico» que lo llevó especialmente a la transgresión. Y es así que públicamente llamó a votar contra el No en el plebiscito de 1980, militó y se manifestó públicamente por la necesidad de votar en blanco en 1982 y criticó duramente la política económica del gobierno en sus columnas en el semanario Opinar y en sus intervenciones radiales en CX30.
Al menos desde 1981, Astori criticó sin tapujos el modelo neoliberal y monetarista de la dictadura, al que calificaba de «concentrador y excluyente». Denunció como perniciosa la liberalización comercial, financiera y la desregulación del mercado interno. Y propuso como salida un modelo alternativo que llamó «nacional y popular». Nacional, como respuesta al avance extranjerizador de nuestra economía en dictadura, distinguiéndolo del «nacionalismo aislacionista» y poniendo el foco en la necesidad de construir alianzas con los países del Tercer Mundo a escala global. Popular, como forma de incluir a las más amplias mayorías. En esta lógica, Astori proponía al Estado como el «protagonista fundamental» del nuevo modelo y al uso de la «planificación racional» como la forma más eficaz para lograrlo.
Conforme se fue haciendo más amplia y factible la crítica explícita al gobierno de facto, Astori fue incrementando su exposición y participación. En los tempranos ochenta se sumó y fue una referencia de los Núcleos de Base Frenteamplista-Liber Seregni. Posteriormente, se integró a la Izquierda Democrática Independiente, en 1984, y fue uno de los cuatro economistas del Frente Amplio que participaron en la Comisión de Programa Económico de la Conapro (Concertación Nacional Programática). En este contexto es que se reconoce la fase más radicalizada en el pensamiento de Astori, con sus controversiales y conocidas posturas contra el pago de la deuda externa o a favor de la nacionalización de la banca.
Con la reapertura democrática, Astori volvió a ser el decano de la facultad a la vez que comenzó a proyectarse de forma creciente en la política nacional. El Astori radical de los tempranos ochenta fue cediendo espacio a un pensamiento más ortodoxo en lo económico que en paralelo lideró un proceso de cambio en varios sectores de la izquierda. Interpretar y valorar dichas transiciones y sus implicancias formará parte de una necesaria evaluación histórica de la izquierda uruguaya en los últimos 50 años.