Para entender el test

La levedad de una huella

En qué consiste, cómo y por qué se utiliza la técnica de RT-PCR en relación con la epidemia de SARS-CoV-2.

Análisis de test de covid-19 en el laboratorio del Instituto Pasteur Héctor Piastri

Ante la desconfianza de la población en la metodología de reacción polimerasa (PCR) utilizada para la toma de decisiones respecto a la pandemia actual, y frente a conceptos erróneos volcados a la opinión pública con supuesta base científica, creemos conveniente divulgar algunos conocimientos que pueden ser de utilidad para comprender cómo y por qué se utiliza esta herramienta formidable.

Un virus es una partícula invisible, a cuya estructura sólo se puede acceder a través del microscopio electrónico. Los virus se caracterizan por contener material genético que, al ser introducido en las células del organismo, comienza a reproducirlos. Se denomina carga viral a la cantidad de virus que alberga un organismo. Las infecciones virales pueden tener distintas cargas virales y muchas veces depende de ello la gravedad del cuadro clínico y la capacidad de contagiar. En el caso del virus SARS-CoV-2, el material genético es ácido ribonucleico (ARN).

Para detectar este virus en las células de la nariz y la garganta, se pueden utilizar dos métodos. Cualquiera de ellos requiere aumentar la cantidad de lo que se quiere analizar, dada la pequeñez del agente. Un método, trabajoso, consiste en el cultivo del virus en células de laboratorio para reproducirlo en grandes cantidades, lo que permite luego identificarlo. Un segundo método, más simple y rápido, consiste en la detección del material genético del virus a través de una técnica de amplificación e identificación de los ácidos nucleicos por reacciones bioquímicas específicas: PCR. Un método distinto para detectar si un individuo tomó contacto con el virus consiste en el análisis de los anticuerpos contra él en muestras de sangre. El hallazgo de los anticuerpos específicos es tardío en relación con la infección.

La técnica de PCR, ideada para la amplificación de ácido desoxirribonucleico (ADN) en el caso del SARS-CoV-2, requiere de un paso previo para traducir del código en ARN a un código en ADN, lo que se logra utilizando una enzima que se denomina transcriptasa inversa o reversa (RT). De allí la denominación de la técnica utilizada para el SARS-CoV-2: RT-PCR. Luego de este paso de traducción, se reproduce el ADN por acción de una enzima denominada polimerasa en ciclos de replicación hasta alcanzar un ciclo umbral denominado cycle threshold (CT). El ciclo umbral es el límite que da por terminada la replicación del ADN. Cada ciclo va incrementando material genético hasta alcanzar cantidades suficientes para poder identificarlo. Si alcanzado el ciclo umbral no se puede identificar el material genético del virus, la prueba es considerada negativa. Por el contrario, cuando se puede detectar, se considera positiva.

Un tema importante que ha provocado discusiones es el nivel del corte en los procesos de replicación del ADN: ¿cuántas veces se debe aumentar el material en estudio para tomar la prueba como positiva o negativa? Cuando el número de virus extraído en la muestra es alto, pocos ciclos alcanzan para identificarlo. Cuando el número de virus es bajo, se requieren muchos ciclos para alcanzar una cantidad suficiente de material genético para identificarlo. Basado en múltiples estudios de investigación, se ha establecido un nivel de corte de 35 ciclos en gran parte de los laboratorios del mundo (CT 35). Se sabe que, en la medida en que el número de ciclos necesario para la detección del material genético es más alto, la probabilidad de hallar el virus viable en cultivos disminuye y, por ende, la posibilidad de contagio también.

Según han probado Rita Jaafar, Sarah Aherfi, Nathalie Wurtz, Clio Grimaldier, Thuan Van Hoang, Philippe Colson, Didier Raoult y Bernard La Scola, con valores de CT del 25, el 70 por ciento de los pacientes dan cultivos virales positivos, y con valores de 30, el número de positivos baja a 20 por ciento. Con valor de 35, menos del 3 por ciento tienen cultivos positivos. Este trabajo ha sido malinterpretado por quienes afirman que el PCR arroja un enorme número de casos falsos positivos. Dicho de otra manera, con CT de 35, se logra un nivel de confiabilidad de un PCR negativo de 97 por ciento. Es decir que, cuando el test da negativo, las posibilidades de contagio son bajísimas, menos del 3 por ciento. Cuando el PCR es positivo, el virus está presente, pero no se puede conocer la posibilidad del contagio ni el momento evolutivo de la infección (comienzo, estado, recuperación). Por tanto, y esto es lo importante a retener para la práctica médica, la conducta que se toma consiste en detectar casos con PCR positivo para el aislamiento como medida preventiva, pero no quiere decir que esto confirma la enfermedad.

Lo importante es reconocer que el hallazgo del material genético (PCR positivo con un nivel de corte de 35) se correlaciona con la presencia del virus, aunque no es posible predecir el grado de contagiosidad, ni si se trata de un paciente asintomático o enfermo, ni el momento evolutivo de la infección: ¿está comenzando, ya pasó por la infección o se está recuperando? No lo sabemos, pero sí sabemos que el virus está presente y que, por tanto, es posible el contagio. Sí se tiene certeza de que cuanto menor el umbral, más severo sería el pronóstico en cuanto a la capacidad de contagiar, porque se asociaría a cargas virales más altas.

Una evidencia indirecta de la utilidad diagnóstica del PCR radica en el paralelismo entre el aumento de casos PCR positivos con el número de internaciones en CTI y fundamentalmente con el número de fallecidos. Se sabe que el 50 por ciento o más de los casos PCR positivos son asintomáticos, pero, a pesar de ello, pueden transmitir el virus. Por otra parte, también se sabe que, de los casos positivos sintomáticos, más del 10 por ciento requieren internación y, de estos, casi la tercera parte en CTI. La mortalidad por covid se sitúa cerca del 1 por ciento de los casos positivos. Estos porcentajes evolucionan de igual manera en otros países.

El RT-PCR es una herramienta de enorme valor, porque permitió el seguimiento de los contactos y el confinamiento de los focos. Una forma distinta de diagnóstico de infección por SARS-CoV-2 consiste en la detección de anticuerpos. Lamentablemente, si bien se trata de un procedimiento sencillo, la confirmación es tardía con relación al período de contagio, por lo que no es útil en la prevención. Los anticuerpos demoran en aparecer cerca de dos semanas después de la infección.

En resumen: el uso de la técnica de PCR es muy útil para detectar a personas que eventualmente pueden ser transmisoras del virus. Cuando el cuadro clínico es compatible y el test de PCR es positivo, es muy útil para el diagnóstico de covid. Los casos graves que requieren soporte respiratorio suelen asociar imágenes bastante características en la tomografía de tórax, a veces muy precoces, que permiten también asegurar el diagnóstico de la enfermedad. El desarrollo de la pandemia puso de relieve la alta contagiosidad y la rapidez con la que el virus afecta al organismo y a la población. La técnica de PCR permite detectar en tiempo útil a aquellos individuos que potencialmente pueden contagiar, para aislarlos y detener así la propagación.

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